용한 버전은 IIS 6.0과 Tomcat 6.0 이지만, 
설정파일 부분은 동일할 것 같으니 관계 없을 듯 합니다.

필요한 파일은 톰캣 홈페이지에서 isapi_redirect 라는 Jakarta Isapi Redirector를 받으시고, 설명서에 따라 레지스트리에 등록해 주면 됩니다.

톰캣으로 연동하는데 필요한 두 설정 파일은 workers.properties.minimal과 uriworkermap.properties 입니다.

# workers.properties.minimal
worker.list=ajp13w

worker.ajp13w.type=ajp13
worker.ajp13w.host=localhost
worker.ajp13w.port=8009

아파치랑 톰캣 연동하는 거랑 비슷하죠. ajp13w라는 별명을 주고 ajp 1.3 프로토콜을 이용해서 톰캣과 연결합니다.

# uriworkermap.properties 
default.worker=ajp13w
/admin/*=ajp13w
/manager/*=ajp13w
/tomcat1/*=$(default.worker)

연결할 url 패턴을 적어준다음에 ajp13w와 같은 별명을 직접 적어줘도 되고, 프로퍼티로 만든 다음에 그 프로퍼티를 적어주어도 됩니다.

여기서 한 가지 더 할 것은

IIS에서 tomcat1이라는 가상 디렉토리를 만든 다음에 실제 폴더 위치에 연결해 줘야 IIS에서도 톰캣에서도 tomcat1이라는 url이 나왔을 때 같은 곳을 가리키게 됩니다. url mapping만 잘 할 수 있다면, 두 프로그램 간의 연동은 대부분 해결되는 것 같습니다.

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